Uppsägningarna, som också berör 700 tillfälligt anställda arbetstagare, gäller främst en fabrik i förorten Henningsdorf i Berlin och en i Görlitz nära polska gränsen. Däremot kommer dessa fabriker inte att stängas.
Uppsägningarna av totalt 2200 arbetare genomförs i etapper fram till 2020, vilket motsvarar nästan en fjärdedel av Bombardiers arbetskraft i Tyskland.
Nedkärningarna är en del av bolagets omstruktureringsplan som tillkännagavs under hösten 2016, som går ut på att minska 7500 transport- och flygverksamheter runt om i världen.
Montreal-baserade företaget kommer inte att utesluta möjligheten av liknande nedskärningar när det gäller produktionsanläggningar i Frankrike, Storbritannien eller Nordamerika.
Bombardier Transportation sysselsätter cirka 950 arbetstagare på andra håll i Montrealområdet. Företaget har 2600 anställda i andra delar av Kanada och 2 700 i USA.
Bolaget tillkännagav i början av juni att 650 jobb kommer att avvecklas i Schweiz i slutet av nästa år.
